Variasi Temperatur Boiling pada Amplifikasi Gen inhA M.tuberculosis Metode PCR
DOI:
https://doi.org/10.30599/jti.v14i2.1661Keywords:
Boiling, M.tuberculosis, PCRAbstract
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode yang direkomendasikan oleh world health organization (WHO) untuk pemeriksaan infeksi tuberkulosis dengan sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi. Biaya yang murah, proses yang mudah, dan tehnik ekstraksi DNA yang cepat sangat diperlukan untuk mendapatkan DNA template. Salah satu cara untuk mendapatkan DNA template adalah metode boiling, dimana metode ini dapat meningkatkan permeabilitas dan merusak dinding sel hanya dengan pemanasan dalam waktu relatif singkat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh variasi suhu boiling 85°C, 90°C, dan 95°C masing-masing selama 30 menit, 10 menit dan 5 menit terhadap hasil amplifikasi gen inhA M. tuberculosis menggunakan metode PCR. Penelitian ini merupakan penelitian True Experiment dengan rancangan posttest only control design. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah dahak penderita TB yang di ekstraksi dengan metode boiling dan dibandingkan dengan metode ekstraksi kit. Hasil amplifikasi di elektroforesis pada gel agarosa 1% yang diamati dengan alat UV transiluminator. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstraksi sampel sputum dengan boiling pada suhu 850C selama 30 menit, 900C selama 10 menit dan 950C selama 5 menit masing-masing ditemukan pita DNA gen inhA M.tuberculosis dengan panjang 465 bp. Ekstraksi sampel sputum dengan metode boiling dapat digunakan untuk pemeriksaan gen inhA M.tuberculosis metode PCR.
Downloads
References
Afif, R., & Putri, D. H. (2019). 16S rRNA Gene Amplification Of Endophytic Bacteria Which Produces Antimicrobial Compounds. Bio Sains, 4(1), 63–71.
Ainley, A., & Kon, O. M. (2020). Clinical tuberculosis. Medicine, 48(6), 356–362.
Barbosa, C., Nogueira, S., Gadanho, M., & Chaves, S. (2016). DNA extraction: Finding the most suitable method. In Molecular Microbial Diagnostic Methods: Pathways to Implementation for the Food and Water Industries. Elsevier Inc.
Hutami, R., Bisyri, H., Sukarno, S., Nuraini, H., & Ranasasmita, R. (2018). Ekstraksi DNA dari Daging Segar untuk Analisis dengan Metode Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP). Jurnal Agroindustri Halal, 4(2), 209–216.
Irianto, K. (2017). Biologi Molekuler. Alfabeta.
Iriatni, Kuswadi, Yasin, N., & Kusumaningtyas, R. (2012). Mengenal Anti-Tuberculosis. Current Bioactive Compounds, 2(1), 105–105.
Kabir, S., Uddin, M. K. M., Chisti, M. J., Fannana, T., Haque, M. E., Uddin, M. R., Banu, S., & Ahmed, T. (2018). Role of PCR method using IS6110 primer in detecting Mycobacterium tuberculosis among the clinically diagnosed childhood tuberculosis patients at an urban hospital in Dhaka, Bangladesh. International Journal of Infectious Diseases, 68, 108–114.
Kaswandani, N., Setyanto, D. B., & Rahajoe, N. N. (2016). Akurasi Polymerase Chain Reaction (PCR) Dibandingkan dengan Uji Tuberkulin untuk Diagnosis Tuberkulosis pada Anak. Sari Pediatri, 12(1), 42.
Kusuma, S. A. F., Parwati, I., Rostinawati, T., Yusuf, M., Fadhlillah, M., Tanti, L. D., Ahyudanari, R. R., Rukayadi, Y., & Subroto, T. (2018). Construction and expression of synthetic gene encoding MPT64 as extracellular protein in escherichia coli BL21 (DE3) expression system. Journal of Pharmaceutical Sciences and Research, 10(10), 2659–2665.
Maitriani, L. K. B., Wirajana, I. N., & Yowani, S. C. (2016). Desain Primer untuk Amplifikasi Fragmen Gen inhA Isolat 134 Multidrug Resistance Tuberculosis (MDR-TB) dengan Metode Polymerase Chain Reaction. Cakra Kimia (Indonesian E-Journal of Applied Chemistry), 2, 20–24.
Negi, S. S., Khan, S. F. B., Gupta, S., Pasha, S. T., Khare, S., & Lal, S. (2005). Comparison of the conventional diagnostic modalities, bactec culture and polymerase chain reaction test for diagnosis of tuberculosis. Indian Journal of Medical Microbiology, 23(1), 29–33.
Osmundson, T. W., Eyre, C. A., Hayden, K. M., Dhillon, J., & Garbelotto, M. M. (2013). Back to basics: An evaluation of NaOH and alternative rapid DNA extraction protocols for DNA barcoding, genotyping, and disease diagnostics from fungal and oomycete samples. Molecular Ecology Resources, 13(1), 66–74.
Parvez, M. A. K., Hasan, K. N., Rumi, M. A. K., Ahmed, S., Salimullah, M., Tahera, Y., Gomes, D. J., Huq, F., & Hassan, M. S. (2003). PCR can help early diagnosis of pulmonary tuberculosis. The Southeast Asian Journal of Tropical Medicine and Public Health, 34(1), 147–153.
Primadi, O. (2020). Profil Kesehatan Indonesia Tahun 2019. In Kementrian Kesehatan Repoblik Indonesia (Vol. 42, Issue 4).
Ramadhan, R., & Fitria, E. (2017). Deteksi Mycobacterium Tuberculosis Dengan Pemeriksaan Paru Di Puskesmas Darul Imarah Detection of Mycobacterium Tuberculosis With Microscopic and Pcr Techniques on Tuberculosis Patients in Puskesmas Pendahuluan. SEL Jurnal Penelitian Kesehatan, 4, 74–81.
Silva, A., Bernardi, L., Schaker, D. C., Menegotto, M., & Valente, P. (2012). Rapid yeast DNA extraction by boiling and freeze-thawing without using chemical reagents and DNA purification. Brazilian Archives of Biology and Technology, 55(2), 319–327.
Sunarno, Muna, F., Fitri, N., Malik, A., Karuniawati, A., & Soebandrio, A. (2014). Metode Cepat Ekstraksi DNA Corynebacterium diphtheriae untuk Pemeriksaan PCR. Bul. Penelit. Kesehat, 42(2), 85–92.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2022 Fihiruddin Fihiruddin, Hanifa Falahul Ilmi, Ari Khusuma
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Abstract Views: 942
| 
File Views: 1806
